L’Installation de Surveillance des Assemblages Irradiés  (ISAI) conditionne actuellement les combustibles usés du réacteur Phénix, et traite différents ensembles radioactifs issus de SuperPhénix (barres de commande, avec récupération et destruction du sodium contenu).

D’autres installations de traitement de déchets concourent de façon importante à la bonne réalisation des programmes d’assainissement et démantèlement. On peut ainsi citer :

• la Station de Traitement des Effluents Liquides (STEL), passage obligé de l'ensemble des effluents radioactifs (à l'exception des effluents de haute activité traités à l'Atelier de Vitrification de Marcoule) provenant des diverses installations industrielles ou de recherche du site,
• et l’installation de Conditionnement des Déchets Solides (CDS) qui a pour mission de conditionner les déchets solides radioactifs dans des colis agréés, avant leur expédition vers le centre de stockage de surface de l'Aube (ANDRA).

Le CEA assure également la maîtrise d’ouvrage du programme de reprise et de conditionnement des déchets (RCD) générés par l’exploitation de l’Usine UP1 de Marcoule depuis l’origine, et entreposés sur le Site.